計算生物物理學(xué)或生物信息學(xué)下的高中水平研究課題有哪些可行?注意:不需要核心實驗室流程的主題是研究委員會的首選。

生物信息學(xué)/計算生物學(xué)/計算生物物理學(xué)的美妙之處在于,您不必?fù)?dān)心任何實驗室過程,更不用說“硬核”過程了。網(wǎng)上有大量免費提供的數(shù)據(jù),大多數(shù)最有趣的數(shù)據(jù)工具也是免費的和開源的。現(xiàn)代筆記本電腦具有足夠的計算能力來運行該領(lǐng)域的有趣分析,AWS 甚至通過其免費套餐提供一些重要的云計算。

可用資源包括大量原始 DNA/RNA 序列數(shù)據(jù)、大量組裝和注釋的 DNA/RNA/蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)、基因表達(dá)數(shù)據(jù)、實驗確定和計算預(yù)測的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)、代謝途徑、癌癥基因突變等等。

很難確定高中項目的正確范圍——這在很大程度上取決于你能否接觸到熟悉你所工作空間的導(dǎo)師,但沿著這些思路的一些想法可能是可行的。

  1. 從COSMIC(癌癥數(shù)據(jù)庫中的突變)中鑒定復(fù)發(fā)性氨基酸替代;將它們映射到三維結(jié)構(gòu)(預(yù)測或?qū)嶒灒┥?,并確定它們是否是表面/暴露的,它們屬于哪種類型的二級結(jié)構(gòu)
  2. 識別蛋白質(zhì)多個比對中可能的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用特征(更多關(guān)于這個想法在我的博客上
  3. 通過敲除另一種代謝物的基因來模擬大腸桿菌對一種代謝物產(chǎn)生的影響
  4. 鑒定各種基因組中甲基化的DNA位點,并探索這些位點在同一物種的其他菌株中的保守程度
  5. 檢查SARS-CoV-2序列的進(jìn)化

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